小兰就这样走了。整个事务所让人感觉空荡荡的，柯南和小五郎的心情都很糟。妃英理也为女儿担心，搬回事务所与小五郎一起住。她一回家，发现小五郎无精打采地坐在沙发上。小五郎一见到妃英理不禁吃了一惊，心里充满内疚和歉意，吞吞吐吐地说：“对不起，英理，小兰她……我……”“不用多说了，我都了解。”妃英理安慰他说。两颗心又紧紧的贴在一起，可是一直期
柯南回到阿笠博士处，和博士一起住，尽管小五郎夫妇极力挽留，还是没有改变柯南的心意。新一的父母想把柯南接到美国一起住，柯南拒绝了，因为东京有他和小兰的美好回忆。现在的柯南也许只能靠时间的流逝来治愈心中的创伤。就这样，柯南在伤心中不知不觉度过了五年。而五年间，小兰依旧杳五音信，柯南的心情也没轻松多少。哀也多次尝试制取解药，但终于还是失败了。
有一天，博士家收到一个奇怪的包裹，没有署名，里面有一封信和一个小盒子。信封上写明收信人是柯南。柯南疑惑地拆开信件，里面写着：“如果想变回工藤新一，就服下盒子里的胶囊！”柯南打开盒子，发现里面有两粒胶囊，显然，一粒是柯南的，一粒是给哀的。“这是怎么回事？难道是哀故意这样做得吗？”柯南想不明白，他去问哀。哀也很惊讶，她不相信连自己这个APTX4869的制造者都无法制取的解药会由别人制取。博士也很不理解。组织已经被消灭，所以不可能是组织里的人做的。可是，除了组织里的人还有谁知道APTX6839呢？在当年，警方消灭组织时也未注意到药物的存在，也就是说知道APTX4869的人只有组织里的高级人员和知道柯南真正身份的人，不可能有其他人知道。而现在，有冒出一个解药的制造者，这到底是怎么回事？柯南想不通，哀和博士也不明白。现在，这两粒胶囊又该怎样处理呢？它真的是解药吗？经过深思熟虑的柯南决定：自己先服下胶囊，根据自己的情况再决定是否要哀服下。柯南毫不犹豫的把胶囊吞了下去，静静地躺着。接着，以前的感觉有来了——心脏跳动加剧，全身发热，好像连骨头都要烧化了一般。这与自己第一次吃下毒药时的感觉几乎是丝毫不差，也许真的是解药吧？！……
过了一会儿，柯南醒了过来，不，是新一。新一变回来了，真的恢复原状了。博士和哀都是既惊奇又高兴，可是新一脸上并没有多少高兴的神色，或者说是忧郁多一些。哀认为新一的情况很稳定，那的确是真正的解药。于是，哀也服下胶囊，变回了宫野志保的模样。
新一失魂落魄地走到毛利侦探事务所。小五郎和妃英理都惊呆了：“难道是新一的灵魂吗？”新一向他们叙述了整件事情的经过：从自己怎样变成柯南，怎样造就了“沉睡的小五郎”以及自己为什么要“编造谎言”骗小兰自己已经“死了”，最后又怎样变回新一。小五郎夫妇知道了事情的来龙去脉后，心里的疑惑消失了，他们理解并原谅了新一，待他很亲切。但是，小兰到底身在何处呢？新一已经回来了，小兰又在哪里寻找她的新一呢？
