战争结束后，拉克丝被ＺＡＦＴ的特务机关软禁了，之后ＺＡＦＴ新议长（代替阿斯兰老爸位置的那个）秘密会见她时将她侵犯了．当基拉拼命找到软禁的地方时，拉克丝已经精神崩溃如同废人，基拉在极度的绝望中崩溃，之后被恨意蒙蔽而成为了复仇鬼，悲哀的怒火连暴风雨也无法熄灭．．．．
　　将崩溃的拉克丝交给卡嘉利之后基拉失踪了，其实是靠他高超的智慧巧妙地混进了地球联邦军，化名尼奥?罗阿诺克并带上了面具遮掩自己的面目．为了报仇，基拉在地球联邦内部不择手段地消灭反对自己的人并且发起多次种族主义运动扩大普通人和新类型人间的矛盾同时不断开发新武器强化地球联邦军的实力．当他认为时机已到时便派出了特务小队去抢夺ＺＡＦＴ的新型ＭＳ，没有人知道基拉真正的目的是要发动新的战争．．．．
　　结果，ＺＡＦＴ与地球联邦的战争终于再次爆发，激烈的战争中双方的战士不断牺牲，本作主人公飞鸟真也在战斗中不断成长，而ＯＲＢ的卡嘉利与阿斯兰则拼命地要阻止战争，但是每次他们快看到希望时都被带上面具的基拉所阻扰．人类的未来被血色的风包裹，看不见和平的彼方．．．
　　终于，飞鸟真在某荒岛上和stella激烈的思想斗争后看穿了战争的本质，在一番权量挣扎后他决定和密涅瓦战舰的同伴们一起加入ＯＢＲ与阿斯兰他们一起停止没有意义的战争．然而已经疯狂的基拉认为ＯＢＲ会阻扰他的复仇，亲自带领地球联邦军攻打ＯＢＲ，虽然ＯＢＲ顽强地抵抗着，但是因为双方兵力的悬殊终于又沦陷了．．．（我为什么要说＂又＂？ ）为了保留和平的种子，大家决定回到太空，然而却得知ＺＡＦＴ新议长被联邦军捉住了，为了不加深ＺＡＦＴ和联邦之间的仇恨，卡嘉利决定留下来作为人质交换，阿斯兰自然也义无返顾的决定留下，当战舰的自动门在阿斯兰与卡嘉利两人身后合上时，两人猛然发现战争的祸首已经站在卡嘉利身后，愤怒的卡嘉利一掌打掉了那人的面具，基拉因为疯狂而扭曲的脸出现在震惊的阿斯兰与卡嘉利眼里...疯狂的基拉要射杀两人，stella从后面冲上来砍倒基拉，并驾驶GaiaGundam救走两人。飞鸟真一行的战舰开始升空，眼见stella一人不敌另外2架被夺MS，飞强行突破霍克姐妹的阻拦，驾驶Impulse与stella击沉了那2架MS。
　　正当四人为摆脱追击，却没回到宇宙和众人回合而不知所措时，宇宙决战来临！联邦军大规模使用核武器，ＺＡＦＴ也投入了新型的超巨型集束米加粒子炮，生命如同草芥一样在战场上消失．战斗中先前被救上密涅瓦战舰的ＺＡＦＴ新议长和开ZAKU的巴雷尔突然占领了密涅瓦战舰，并夺取了阿斯兰留在舰上的MS。　　
　　基拉突然在战场上被通知：拉克丝醒了！惊喜万分的基拉立刻跑向医院，而同时拉克丝醒来后已经知道发生的一切，悲伤的泪水落在以前大家一起合照的照片上，上面的人物逐渐模糊．．．
　　基拉与拉克丝在医院的天台上再次见面，基拉知道了ＺＡＦＴ新议长是拉可丝的变性克隆体这一事实，（不成功的加上长期注射雄性激素的克隆体老化速度很快，所以ＺＡＦＴ新议长不是16，7岁的样子，而他侵犯拉可丝的理由不过是想看看自己本来的身体是什么样子）但是面对基拉脱下面具后去那张被仇恨扭曲的脸，拉克丝说：＂你不是基拉，不是...＂在慢镜头中，穿着病服的她像幽雅的白鸟一样张开双臂，跳了下楼．．．基拉悲伤绝望的喊叫中，尸体边粉红色的哈罗眼睛停止了闪烁...
　　霍克姐妹被ＺＡＦＴ新议长枪杀和的拉可丝的死把剧情推向了最高潮！肩负同伴仇恨的飞鸟真与彻底疯狂的基拉，BT的ＺＡＦＴ新议长，中立军，地球联邦军与ＺＡＦＴ军终于要决一死战！最后一战极其惨烈悲壮荡气回肠催人泪下！在无数人的死亡后最后基拉与飞鸟真的机体终于在战场上的残骸包围下进行壮绝的最后一战！就在飞鸟真快被基拉杀死的时候突然基拉看见了地面上阿斯兰保护卡嘉利不受炮火袭击，又想起自己第一次开高达的动机，基拉终于醒悟，可为时已晚，stella驾驶MS从其背后一刀将基拉MS斩为两半，基拉就XX了。从整场战斗双方几乎死伤呔尽，当飞鸟真和stella从残破不堪的MS出来时，阿斯兰和卡嘉莉冲过来欢迎他们的归来．．．．
　　大家看看吧 汗 我们的基拉 悲伤啊。