茫茫沙漠上出现了一个孤独的旅行者，他金色头发，后脑勺束这一个飘逸的小辫，金色的眼睛炯炯有神目视远方。身上的黑色上衣外面是熟悉的红色外套，两手戴着白色手套，做击掌的炼金动作。但是……他不是钢之炼金术师爱德华，他是爱德华的弟弟——艾尔！

    剧场版的故事发声在TV版结束的两年后。爱德华和艾尔兄弟二人被隔绝在两个世界无法相见。弟弟艾尔在TV版的最后得到了失去的肉体，但是作为等价交换失去了与哥哥爱德华二人四处旅行的这些年的所有记忆。虽然艾尔隐约记得哥哥的一些事情，但是周围的人都很少提起爱德华。

    终于有一天，艾尔决定出发寻找哥哥，无论爱德华身处哪个世界。他穿起哥哥留下的炼金术师袍，展开一段长达3000里的，新的炼金术师的旅程……

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