第一次新吉恩战争（哈曼战争）结束后，0089下半年间，联邦对殖民卫星加强了经济等方面的制裁，但此措施的实行，亦只是令宇宙住民对立情绪上涨而已，各路反联邦势力纷纷崛起。

　　0090年2月，联邦为收容难民建起宇宙居住区“SWEETWALLTER”。但此时在无人知晓的情况下，一度销声匿迹，于哈曼死后掌握新吉恩指挥权的夏亚·亚兹纳布尔已秘密潜入，藏身其中。

　　3月，联邦军为维持军事上的威慑力，建立外围独立精锐部队郎德·贝尔，由布莱德·诺亚大校提任司令官，队中更有以著名的王牌机师阿姆罗·利大尉为首的众多优秀战士作为成员。

　　0092年12月，由夏亚·亚兹纳布尔在接受电视采访时发表向联邦的宣战布告。第二次新吉恩战争（亦称阿克西斯战争或夏亚之乱）爆发。

　　然而，正当阿姆罗等人与新吉恩军殊死战斗时，一些联邦上层人物却盲目相信和平的可能性，加上收受贿赂，而准备前往SIDE6，与新吉恩方面进行秘密接触。

　　STORY

　　天真活泼的少女珂丝·巴拉亚，出身于联邦高官家族，生活条件优越但却并不幸福，从小得不到足够的父爱，与继母关系更是恶劣至极，因此造就了她叛逆的性格。

　　3月4日珂丝随父亲从地球前往太空，在飞船上结识了布莱德之子哈萨维·诺亚，当一行人到达SIDE6时，正遇上阿姆罗与其女友珍一起从月面取回最新的阿姆罗专用机动战士RX-93ν（NEW）高达。ν高达由阿姆罗主设计，能够最大限度发挥他的NEWTYPE能力，加上装备了最新的NT念动制导游炮，拥有与夏亚的最新座机MSN-04沙扎比相抗衡的力量。当阿姆罗正为得到新机体而欣喜，珂丝与哈萨维亦为学习驾驶MS成绩出色而兴高采烈时，他们并不知道，夏亚正在同一个卫星上与联邦上层进行着秘密会谈。

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　　原文图注一：阿姆罗专用的究极NEWTYPE高达，具有也许在高达史上最强的战斗力。

　　很不幸，正所谓冤家路窄，6日在休息时段外出骑马散步的夏亚，与带着珂丝与哈萨维驾车兜风的阿姆罗撞个正着。两人大打出手，阿姆罗甚至拔枪欲向夏亚射击，然而谁也没想到就在此时珂丝竟突然夺去阿姆罗的枪械，并与夏亚一起由新吉恩军的强化人邱尼驾机接走。

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　　原文图注二：阿姆罗及其女友珍，以及夏亚和他的情人娜娜，插画作者有意把珂丝放在中央以暗示众人之间的关系。

　　性格叛逆的珂丝竟会接受夏亚的思想而投向吉恩，这一事实令哈萨维大受打击，他暗下决心，要说服珂丝离开敌人的阵营。与此同时，联邦与新吉恩的会谈达成了协议：新吉恩将于3月12日解除武装，向联邦投降。联邦官员们为此洋洋得意，他们做梦也没有想到，这只不过是夏亚进攻地球计划中的一环。

　　经历多年动荡生涯的夏亚，对地球联邦已彻底不报希望。因此，这次复出的目的，便是将无视众多宇宙移民生命和权益的地球联邦政府，以及全部地球居民彻底消灭！而且，其手段之激烈程度，在人类史上也是空前的，在他的计划中，攻击的方式不再是像以往那样落下殖民卫星，而要把小行星阿克西斯推向地球，从而引起巨大的气候异变，使另一个冰河期降临在地球上，基本灭绝地面的住民，以此达到净化人类的目的。

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　　原文图注三：夏亚最后的专用座机沙扎比，在这个时代是新吉恩总帅的象征。

　　0093年3月12日，夏亚以降伏的姿态令联邦军放松警戒，乘机突然袭击夺回了阿克西斯。随后，开始将阿克西斯推向地球。

　　幸而，以布莱德、阿姆罗为首的朗德·贝尔队早有准备，朗德·贝尔旗舰拉·凯拉姆号上的精锐勇士们纷纷出动，与新吉恩军展开生死搏斗。

　　偷偷驾驶MS出击的哈萨维，在战场上来到了驾着重型机动装甲（MA）α·艾及尔的珂丝身旁，欲劝说她回心转意，然而珂丝完全不为所动。正在这时，驾机与珂丝作战的珍，用飞弹直接击中了珂丝所乘MA的座舱，因震惊、伤心、愤怒而失去理性的哈萨维，转身向珍的座机连续开火，令珍葬身在他的枪下……

　　此时的朗德·贝尔队，在布莱德的指挥下成功潜入了阿克西斯，将其动力部炸毁，岂料这正在夏亚的计划之中——被炸成两半的阿克西斯，后一半脱离了地球轨道，而前半部分，则继续向地球坠落下去。

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　　原文图注四：一张描绘ν高达与沙扎比间最后决战的插画，背景上的小行星阿克西斯给人以紧迫感。

　　另一方面，在阿克西斯坠向地球时，阿姆罗与夏亚这对宿敌间的决斗业已分出了胜负，夏亚的沙扎比被阿姆罗击毁，但他仍然发出了得意的狂笑：你赢不了我，阿姆罗！阿克西斯的下坠已经无法阻止了！

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　　原文图注五：两人持续了近15年之久的对峙，终于就要分出胜负了。

　　值此千钧一发之际，阿姆罗奋不顾身地驾驶着ν高达来到阿克西斯最前端，欲以强大的喷射引擎动力将小行星推向与地球相反的方向。看到他的行动，联邦军的战友、甚至新吉恩军的士兵们都纷纷驾MS前来相助，想要挽救这场人类史上的大惨剧。可是，阿克西斯依然一点点向着地球移动。

　　在大家都已绝望而放弃努力的时候，惊人的奇迹发生了，那些已逝的和活着的NEWTYPE，以及所有善良的人们的精神力，化作了巨大的能量场，像一道光环围绕着地球，地面上所有的人都观赏到了这一奇景，那是比极光更加美丽的人类的心灵之光，而且，在这光的作用下，阿克西斯缓缓离开了地球的轨道，向宇宙深处漂去……