《幽灵公主》是一部足以让世人震惊、留名传世的动画作品，比之商业化的《千与千寻》，它主题更为宏大、境界更为高远、结构更为繁复、画风更为写意壮丽。唯一瑕疵在大概于人物刻画略显单薄，感情描写略显肤浅，据说这是由于《幽灵公主》初期制作的版本为四小时长，为上映保证票房剪去近半，所以留下一些缺憾。《幽灵公主》本是患有手疾的宫崎骏的绝笔之作，所以也是传递出他自《风之谷》以来，苦苦反思后对"人和自然之间的冲突"的彻底失望之情。这种"冲突"并非世俗所谓的"环境保护"问题，而是人与自然的天然存在的、无从化解的仇恨。

　　影片通过少年阿席达卡为解除"魔鬼的诅咒"而进行的游侠经历，描绘了人界、物界的许多代表形象，以及他们之间的关系和矛盾。所谓"魔鬼的诅咒"是因为一头野猪被人类的火枪击中而屈死，仇恨并未随着死亡消退，却使野猪变成了魔鬼，而阿席达卡为保护自己的部落而臂膀中了"仇恨之毒"。阿席达卡怀着必死之心前往森林，去探究仇恨的根源和解除之法。在这片森林之中，自然之神乃是麒麟兽，它可以赐予生命，也可以夺取生命；狼族、猪族都是守护森林、信奉麒麟兽的生物。在这片森林边上有一座铁镇，首领是黑帽子夫人，她是崇尚科技的人类，不断开采铁矿，冶金锻造，研制火器，为此不惜与具有神异力量的生物开战；在森林之外，还有一个王国图谋在黑帽子夫人和森林神族开战时，一举消灭两者。于是人、生物、自然之间(甚至人与人之间、生物与生物之间)环环相扣、不可调和的仇恨日渐激化，最终演变成"人屠杀神"的悲剧。

　　从五百年前传下来的古代部落来的阿席达卡作为传统与和平的象征，而被狼族抚养长大的"幽灵公主"阿珊则是人类自赎和反省的象征，两个主人公的设计以爱相连，并存活下来，算是宫崎骏给观者的一点希望。片中尽管阿席达卡和阿珊一个用爱、一个用恨极力阻拦人类向自然的宣战、向森林发动进攻，但依然没有阻止住"神"被最新武器枪杀的厄运。于是森林尽毁、万物凋零。当成千上万可爱玲珑的"小树精"坠落死亡的时候，不由让人慨叹--真是一曲"自然的挽歌"！尽管在自然被彻底毁灭前，阿席达卡和阿珊挽救了麒麟兽，使大地得以重生，一切都回归自然。但用阿珊的台词说，"这个自然已经不是原来的自然"，--更何况死里逃生的黑帽子夫人只是淡淡地说"一切只好重头再来"，这其中多少包含着仇恨将要循环下去的含义。或许，宫崎骏为避免自己的绝对悲观的思想影响普通的观众，结尾处他让阿席达卡对阿珊说"你在森林，我在铁镇，我们一起活下去吧"--这不过是他无奈、苦笑着的一个让步。